So als Schnellschuss: Irgend eine DLL ist beschädigt, und bleibt im RAM hängen nach dem Beenden. Beim erneuten Aufruf blockiert sie dann den Zugang von FSX in den Kernel. Sozusagen als Hinweis "Hey FSX, du läufst ja schon."

Ein ähnliches Problem ist auch unter dem Begriff "memory leak" bekannt, dann werden nämlich Texturen in das Graphik-RAM gefüllt und dann trotz "nicht Gebrauchs" nicht mehr rausgenommen. Dadurch füllt sich der RAM bis zum Platzen, resp. der FSX wird immer langsamer bis zu 0 FPS. Exitus. Auch hier ist der Grund in einer beschädigten DLL des FSX zu finden.

Lösung: Wie üblich beim FSX -> Neuinstallation!

Sorry, wie gesagt - ist eine unqualifizierte und unverbindliche Ferndiagnose