ich kann zwar gerade nicht erklären, warum dir die Tasteneinstellungen flöten gehen, aber speichere Dir doch die entsprechende Datei und kopiere sie danach zurück.
Die Tasteneinstellungen sollten im FS9 in der FS9.cfg zu finden sein.
Hierist eine detaillierte Anleitung für allerlei Tastenspaß im FS9.
Vielleicht kommt aber noch von dem ein oder anderen die lösung für Dein eigentliches Problem...