Ich weiss ja nicht, ob es euch auch so geht. Aber ich hatte früher immer Probleme mit dem Scrollrad im Flusi, wenn ich nämlich zwischendurch mal in einem anderen Fenster unterwegs war (besonders gern im FSNavigator) und dann mit dem Mausrad z.B. Kurs oder Höhe verstellen wollte. Ich konnte mich NIE daran gewöhnen, erst den Flusi wieder zu aktivieren und regelmässig wurde dann im FSNav der Zoom völlig verstellt.

Bis ich dann auf ein Tool gestoßen bin, dass das Mausrad immer auf das Fenster wirken läßt, über dem sich der Mauszeiger befindet. Je nach Einstellung läßt sich das Fenster dabei aktivieren oder auch im Hintergrund scrollen. Auch ausserhalb des FS für mich eine enorme Erleichterung. Das Tool heisst KatMouse, ist Freeware und von Eduad Hiti und hier zu finden:
http://ehiti.de/katmouse/

Für mich eins der Programme, bei denen ich mich frag, wie ich früher ohne sie auskommen konnte.

RTFM

Geh mal in den Settings auf "Wheel Button" und stell dort "None of the buttons" ein. Dann sollte es wieder passen.