H.264!
Dazu eine gute Tonspur, das ganze in einen MKV-Container und gut is.

Im Grunde genommen müsste es eh fast egal sein, da Youtube glaub ich in H.264 konvertiert im Hintergrund. Das haben sie damals angefangen als iPhone und iPad in ihrer Verbreitung kritische Masse erreicht haben, weil die ab Werk kein WMV etc spielen können. Die selbe Geschichte ist ja auch der Grund für die HTML 5 Version von Youtube. Von daher mach Dir wenig Sorgen, Du kannst es im Grunde genommen nicht falsch machen.

Also konkret wissen tu ich es nicht, aber ich kann mir schwer vorstellen, daß die nochmal drüber-encoden wenn es sowieso schon im gewünschten Format vorliegt. Youtube gehört Google, das sind kluge Leute die mit ihren Ressourcen seeehr effizient haushalten (bei der Infrastruktur kein Wunder), ich kanns mir also nicht vorstellen, daß sie so dumm wären.

Selber mach ich kaum Videos, von daher bin ich da recht wenig praktisch veranlagt. Mein Wissen über Containerformate und Codecs kommt eher vom exzessiven Herumbasteln an HTPCs.

Ich hab aber einen Freeware-Encoder gefunden: H264 Encoder

Da DivX ein Codec und AVI eigentlich ein Container ist (das bringen eigentlich alle durcheinander, die sich nicht intensiv mit der Materie beschäftigen), zieh Dir mal die beiden Wiki Artikel rein, da ist dann vieles klarer und verständlicher:

Container Formate
Codecs