Nein, wüsste sich auch nicht, warum das passieren sollte. Man wählt ja bei der Installation von Lion das Volume (also in der Regel die "Macintosh HD") und gut ist. Alles andere sollte unangetastet bleiben.
Zu Parallels mit dem FSX kann ich dir nichts sagen, mein Vater hat Parallels allerdings (noch unter Snow Leopard) für Lotus Approach hauptsächlich im Einsatz und ich muss sagen, das macht schon wirklich was her. Mac und Windows Programme arbeiten nahtlos nebeneinander, von der Windowsoberfläche sieht man auf Wunsch gar nichts. Knackpunkt wird die 3D-Beschleunigung sein, da wirbt Parallels bei Version 6 mit massiven Zuwächsen. Inwiefern der FSX damit spielbar ist, entzieht sich allerdings meiner Kenntnis